При создании виртуальной машины с доступом по ssh в Microsoft Azure можно загрузить публичный ключ (пользователя той системы откуда будет осуществляться вход в виртуальную машину). Но Azure требует предоставить ключ в формате CER или PEM, в то время как ssh-keygen по умолчанию создает ключ в своем формате.