добавить в /etc/my.cnf:

[mysqld]
long_query_time=3
slow_query_log=1
slow_query_log_file = /var/log/mysqld-slow-query.log

long_query_time -значение в секундах от 1 до 10. Запросы занявшие больше указанных секунд будут логироваться

Далее:

# touch /var/log/mysqld-slow-query.log
# chown mysql:mysql /var/log/mysqld-slow-query.log

После изменений перезапустить mysql